目前牛黄上清丸的副作用尚不明确。患者在使用本品期间不能同时服用滋补性的中药。患者在服用本品期间如出现大便次数增多或大便不成形的现象，应根据医生的指导建议适当的减少剂量。 本品需要严格按照用法用量服用，并且不能长期服用本品。患者如连续服用三天，本品症状仍然没有得到任何缓解或者症状加重，应立马到医院就医。