核磁共振是有副作用的。核磁共振作为临床检查疾病的一种手段，对身体辐射相当大，对血液系统有很大的不良影响，特别是怀孕的女性做这种检查，容易引起胎儿畸形。所以怀孕的女性是千万不能做核磁共振这种检查的。其他的患者做这种检查虽然有一定的副作用，但是由于检查时间比较短，所收到的辐射不是特别大，对身体健康造成的不良影响非常小，只要做完以后多喝水，适当的补充糖分，注意休息，几天就可以恢复正常。