使用碘苷滴眼液治疗期间可能会出现眼部的疼痛、水肿、畏光和局部充血等不适的症状，还可能会发生过敏性反应眼睑的水肿。长期使用该药物治疗时，可能会出现接触性的皮炎、滤泡性结膜炎、点状角膜病变和泪点闭塞等。 碘苷滴眼液不能和硼酸或者是硫柳汞一起使用，两者合用可能会使该药物出现失效的现象，还可能会增强眼部毒性的作用。