氟化钠甘油糊剂的副作用没有可靠的参考文献。 氟化钠甘油糊剂的主要药物成分包括氟化钠、甘油。其中氯化钠对粘膜具有一定的刺激作用，在使用时需要避免接触到牙龈组织。该药物在放置时间过久时，会吸出甘油，因此在使用时需要摇匀。药物储存时需要遮光、密闭保存。该药物会缓慢的腐蚀玻璃，不宜长期储存玻璃瓶中。