在使用苯甲酸雌二醇软膏后，部分患者可能会有乳头溢液、头痛局部刺激感等症状的发生。另外，在治疗周期停止后，可能会出现与生理期较为相似的阴道出血等症状的发生。 苯甲酸雌二醇软膏不建议与抗凝药物一同使用时，因为在药物的作用下，人体体内分泌的雌性激素会使抗凝药物的药物效果降低，所以通常情况下不建议一同使用。