维生素E烟酸酯软胶囊的副作用主要是少数患者在服用此药物之后会出现面部或者颈部温热感，可能会引起发热头痛等反应，比较严重的是会导致皮肤瘙痒或皮肤潮红，甚至会引起胃肠道不适，比如恶心、呕吐或者腹泻等。 该药物服用之后可能会对尿液诊断产生干扰，比如血尿酸测定可能会增高，还有可能会出现尿糖班氏试剂测定出现阳性。