莫达非尼禁忌主要针对于对本品过敏的患者禁用。对于患有左室肥大、有缺血性心电图改变、胸痛、心律失常或者有临床表现的二尖瓣脱垂的患者要禁止使用。另外，如果患者近期发生过心肌梗死和不稳定性心绞痛的患者，也要禁止使用。 由于该药物使用后，可能会降低甾体类避孕药的效果。所以使用药物期间以及停药后一个月内，应当采取其他的避孕措施。