聚甲酚磺醛溶液使用后个别患者会出现局部刺激的症状，刺激症状会很快消失。另有部分患者会出现肛门下坠感，本药物在治疗口腔病变时，一定要注意其中的高酸性可能会损伤牙轴质。 该药物使用期间可能会促进局部组织病灶脱落，或者有大片病灶脱落的现象，此时不必过于惊慌担忧，主要是因为聚甲酚磺醛所导致，出现病灶组织脱落后，可以将其清理掉，以免出现刺激。