小儿双磺甲氧苄啶散禁止磺胺类药物过敏的患者使用，禁止肝功能严重受损的患者使用。甲氧苄啶过敏的患者禁止使用。两个月以下的婴儿禁止使用。巨幼红细胞性贫血患者禁止使用。 本品还能够抑制大肠杆菌的生成，也会妨碍B族维生素在肠内的合成，所以在治疗期间用药超过一周以上的患者应当同时补给B族维生素，预防其缺乏。