蒿甲醚在使用的过程中可能会使患者出现比较轻微的不良反应，个别患者可能会出现门冬氨酸氨基转移酶和丙氨酸氨基转移酶轻度升高，或网织红细胞一过性减少的情况。另外，还有极个别患者可能会出现心律失常，比如室性期前收缩等。 上述药物的有效期是36个月，患者在使用前需要注意检查药物保质期，避免使用到过期药物。