蒿甲醚胶囊在临床上的药物副作用比较轻微，有个别患者在用药后可能会出现血清门冬氨酸氨基转移酶、丙氨酸氨基转移酶活性轻度升高，没有的可能会出现网织红细胞数有一过性减少的情况。 上述药物在治疗期间如果需要与其他药物同时进行使用，很有可能会出现药物之间的相互作用有关的详细情况，可以咨询医生或药师，以免盲目用药，出现不良后果。