临床中使用头孢氨苄甲氧苄啶胶囊时的副作用比较多，通常以腹泻、恶心、呕吐等症状为主。但部分过于敏感的患者，也可能会导致自身出现有皮疹、药物热等过敏反应，严重甚至可能会出现过敏性休克，对自身造成一定程度上的影响。 另外，由于药物中的甲氧苄啶能够影响叶酸代谢，所以还可能会导致部分患者出现白细胞减少以及血小板减少等症状。