乙型肝炎病毒突变时，乙型肝炎病毒患者血清中的乙型肝炎病毒脱氧核糖核酸呈阳性，这意味着该病具有一定的传染性，患者病情严重。小三阳乙型肝炎病毒的突变会带来另外两种危害：一种是乙型肝炎病毒前丙区或丙型启动子的突变。这种突变病毒不易被人类免疫系统识别，而且更难被清除，使得小三阳性的慢性乙型肝炎很容易复发。二是核苷类药物耐药性的变化。该病毒对所用药物不再敏感，也可能对其他核苷类药物产生交叉耐药性。